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山西省農業科學院農業環境與資源研究所成立于1959年，其前身為山西省農業科學院土壤肥料研究所，是山西省農科院建所最早的研究所之一。 全所共下設4個研究室（土壤與環境研究室、植物營養與肥料研究室、農業微生物研究室、分析測試研究室）、1個重點實驗室（山西省土壤環境與養分資源重點實驗室）、2個中心（土地復墾與可持續利用工程研究中心、農業科技開發服務中心）和4個辦公室（所辦公室、所財務室、科技開發室和技術推廣室）。
為更加有效率的進行科研研究，研究所引進迅數MF3型多功能一體機，具有微生物菌落計數、篩選、顯微圖像分析、抑菌圈測量等多項高級功能。
